L'agent comptable assure la direction de plusieurs services administratifs au sein de l'école.

Tout d'abord il dirige l'agence comptable qui est le service chargé de la tenue de la comptabilité, de l'encaissement des ressources et du paiement des dépenses de l'école.

Depuis 2005, il est aussi responsable du service facturier. Ce service constitue un centre de traitement et de paiement unique des factures. Les services gestionnaires procèdent à la demande d'achat et certifient le service fait. Le service facturier saisit les factures, effectue le rapprochement entre engagement juridique, facture et certification du service fait et constitue le dossier de liquidation. Ce service comporte aussi une cellule chargée de la liquidation et de l'ordonnancement des recettes.

Enfin l'agent comptable assure depuis peu une mission d'assistance au Directeur relative à la sécurisation des achats publics dans le cadre de la réglementation de la commande publique et d'une bonne gestion des deniers de l'école.